Jedes Jahr wird in Alto Mare ein Wasser-Pokémon-Wettrennen in den Kanälen der Stadt veranstaltet. Dieses Jahr nehmen Ash und Misty ebenfalls teil! Obwohl er nicht gewinnt, findet Ash doch einen besonderen Platz im Herzen eines geheimnisvollen Mädchens, das er vor zwei bösartigen Frauen schützt. Aber es ist kein gewöhnliches Mädchen, sondern das getarnte Legendäre Latias!

Ash erhält Einblick in die geheime Welt von Latios und Latias, doch diese Welt wird schon bald von den beiden erwähnten Frauen, Annie und Oakley, bedroht, die die beiden Legendären Pokémon fangen und außerdem ein geheimnisvolles Juwel namens Herztropfen an sich bringen wollen. Mit all diesen Elementen können sie den mächtigen Verteidigungsmechanismus der Stadt missbrauchen. Allerdings weist die Maschine eine Fehlfunktion auf, durch die nicht nur Latios und Latias in große Gefahr gebracht werden, sondern ganz Alto Mare bedroht ist!