Ash ist sehr aufgeregt, als er endlich mit Pikachu, seiner Mutter und Professor Eich in der Einall-Region ankommt. Zur gleichen Zeit bekommt Team Rocket von Giovanni einen wichtigen Auftrag, der die Einall-Region betrifft. Während Jessie, James und Mauzi sich auf diesen Auftrag vorbereiten, stellt Professor Eich Ash Professor Esche vor, eine wissenschaftliche Koryphäe der Einall-Region. Plötzlich ziehen dunkle Gewitterwolken auf, und Pikachu wird von einer unglaublich großen Menge Energie getroffen. Professor Esche untersucht Pikachu. Sie kann jedoch nichts Auffälliges finden. Aber später, als Ash gegen einen angehenden neuen Trainer namens Diaz und sein 1. Pokémon Serpifeu kämpft, kann Pikachu keine Elektro-Attacken mehr einsetzen! In Professor Esches Labor stellt sich dann heraus, dass Pikachu während des Gewitters von einer riesigen Menge Energie getroffen wurde. Und plötzlich taucht dieselbe dunkle Gewitterwolke wieder auf! Professor Esche erzählt daraufhin Ash, Professor Eich und Ashs Mutter die Legende von dem Legendären Pokémon Zekrom. Und alle fragen sich, was wohl der Grund dafür sein könnte, dass Pikachus Elektro-Kräfte auf so mysteriöse Weise verschwunden sind. Wird Pikachu diese Kräfte jemals wieder einsetzen können?