Kaum, dass Pikachu infolge einer mysteriösen Krankheit daran gehindert wurde, Elektro-Attacken einzusetzen, ist es durch ein zweites Gewitter auch schon wieder genesen. Professor Esche und Professor Eich glauben, dass Pikachus Krankheit irgendetwas mit dem Legendären Pokémon Zekrom zu tun hatte, und beschließen, in dieser Richtung weiter zu forschen. Inzwischen ist auch Team Rocket in der Einall-Region eingetroffen und bereitet sich auf seine Aufgabe vor, sowohl Pikachu als auch Zekrom zu stehlen. Ash hat sich entschieden, seine nächste Reise durch die Einall-Region zu machen. Professor Esche gibt ihm einen neuen Pokédex und neue Pokébälle mit auf den Weg. Ash möchte so viele Pokémon aus der Einall-Region kennen lernen wie nur möglich und macht sich auf den Weg zur ersten Arena. Unterwegs begegnet er Lilia mitsamt ihrem Pokémon Milza und er fängt überdies sein erstes Einall-Pokémon, Dusselgurr. Aber schon kurz darauf beginnt Team Rocket, seinen teuflischen Plan in die Tat umzusetzen und schnappt sich Pikachu, Dusselgurr und Milza! Das nimmt Ash natürlich nicht hin und kämpft gegen seine alten Feinde Jessie, James und Mauzi. Ein Ottaro, das einen eher schüchternen Eindruck gemacht hatte, ist Ash und Pikachu jedoch gefolgt. Und durch dessen unerwartete Hilfe können Ashs und Lilias Pokémon gerettet werden. Team Rocket verschwindet auf mysteriöse Art und Weise... Im Pokémon-Center werden Pikachu, Milza und Dusselgurr von Schwester Joy wieder in Bestform gebracht. Lilia muss zugeben, dass Ash, obwohl er sich noch wie ein Kind verhält, sie mit seiner schnellen Rettungsaktion der drei Pokémon sehr beeindruckt hat. Und Ash fragt sich, wieso Ottaro ihnen geholfen hat...