Nachdem unsere Helden in Stratos City angekommen sind, wo sich auch die örtliche Arena befindet, machen sie eine kleine Erkundungsreise durch die Stadt und treffen dabei zufälligerweise auf ihren Freund Artie, den Arenaleiter von Stratos City. Zusammen entdecken sie völlig unerwartet im Untergrund ein in Not geratenes Toxiped. Ash möchte ihm helfen und tut es auch. Aber kurz darauf stellen unsere Helden fest, dass die ganze Stadt von einer gigantischen Kolonie wütender und bedrohlicher Toxiped überrannt wird! Die Bewohner sind in Panik, und der Bürgermeister von Stratos City ordnet an, dass sofort etwas dagegen unternommen werden müsse. Als unsere Helden Ashs Rivalen Diaz begegnen und feststellen, dass er gegen die Toxiped kämpfen und sie vertreiben will, schlägt Artie vor, sie zusammenzutreiben und auf den Zentralplatz der Stadt zu bringen. Währenddessen zeigen die ersten Ergebnisse von Professor Esches noch andauernden Forschungen nach der Ursache dieses Dilemmas, dass es von Menschen verursacht wurde. Unseren Helden gelingt es, zusammen mit Artie und Diaz alle Toxiped auf dem Zentralplatz zusammenzutreiben. Professor Esche entdeckt eine riesige Energiequelle, die von dem Wüstenresort ausgeht. Zusammen mit Officer Rocky (Anm: und unseren Helden! Das ist in der Folge zu sehen!!) macht sie sich auf den Weg, um herauszufinden, was dort los ist. Artie bleibt in Stratos City zurück, denn er möchte sich um die Toxiped kümmern. Ashs Gedanken drehen sich nur noch um die Toxiped und natürlich auch um seinen nächsten Arenakampf mit Artie!