Auf ihrem Weg nach Rayono City besuchen unsere Helden ihre alten Freunde Professor Esche und Dr. Vivian. Vivian ist gerade dabei, ihre unglaubliche Pokémon-Wiederherstellungsmaschine in Gang zu setzen, um aus einem Federfossil das Ur-Pokémon Flapteryx wiederherzustellen, während Professor Esche sich mit einem Forschungsprojekt über den Ursprung der Pokémon befasst. Die Wiederherstellung ist ein voller Erfolg, wobei das Flapteryx gelinde gesagt etwas durch den Wind ist! Nachdem es sich beruhigt hat, stellt sich jedoch heraus, dass der Urahn aller Flug-Pokémon gar nicht fliegen kann. Und das ist die Gelegenheit für unsere Helden und die beiden Wissenschaftlerinnen, Zeugen eines geschichtsträchtigen Augenblickes zu werden: des ersten Fluges eines Flug-Pokémon! Nachdem Flapteryx mehrere fruchtlose Flugversuche unternommen hat, entwickelt es sich schließlich zu Aeropteryx weiter, das sich mit Erfolg in die Lüfte schwingt! Währenddessen reißt sich Team Rocket die Computerdaten der Pokémon-Wiederherstellungsmaschine unter den Nagel. Doch ihr Plan, Aeropteryx zu fangen, scheitert. Unsere Helden und die Wissenschaftlerinnen können sich nicht erklären, wieso Aeropteryx ständig Schreie ausstößt, doch dann tauchen drei weitere Aeropteryx auf, die anscheinend seit Millionen von Jahren irgendwo in der Einall-Region versteckt gelebt haben. Als Aeropteryx seine Artgenossen sieht, fliegt es glücklich mit ihnen davon, während Doktor Zager zeitgleich Team Rocket zu dem erfolgreichen Diebstahl der Daten der Pokémon-Wiederherstellungsmaschine gratuliert…