Auf ihrem Weg nach Nevaio City zu Ashs nächstem Arena-Kampf verlaufen sich unsere Helden in den unzähligen Höhlen des Wendelbergs. Zum Glück begegnen sie dem Pokémon-Forscher Ferris, der gerade das urzeitliche Schildfossil eines Galapaflos entdeckt hat. Doch kurz darauf werden die Gefährten von Sierra, einer Freundin von Ferris aus Kindertagen, aus den Höhlen gescheucht. Sierra leitet hier unten die Mannschaft eines Bergbaubetriebs. Bei Ferris zuhause angekommen, erfahren wir, dass er sich hundertprozentig sicher ist, dass er als Kind im Berg ein Galapaflos getroffen und mit ihm gespielt hat! Ferris und unseren Freunden ist klar, dass das theoretisch nur durch eine Art von Zeitkrümmung möglich wäre. Währenddessen plant Team Rocket in Zusammenarbeit mit Dr. Zager, das Schildfossil zu stehlen und als Pokémon wiederherzustellen. Denn sie brauchen es, um mithilfe der Zeitkrümmung – dem Zeittor, einem Tor, das in die Vergangenheit führt – in die Urzeit reisen zu können. Ferris hat als Junge schon mit diesem Zeittor unbewusst seine Erfahrungen gemacht: ohne das Zeittor hätte er Galapaflos nie kennengelernt! Team Rockets finsterer Plan besteht darin, in die Vergangenheit zurückzugehen, um so viele Urzeit-Pokémon wie nur möglich zu stehlen und sie in unsere Zeit zu bringen. Mit ihrer Hilfe wollen sie dann schon bald die Einall-Region beherrschen. Unsere Helden wollen das natürlich keinesfalls zulassen und eröffnen den Kampf. Doch Team Rocket stehen unzählige Abwehrmöglichkeiten zur Verfügung und deshalb können unsere Freunde nicht zu ihnen durchdringen. Plötzlich und völlig unerwartet flüchtet das wiederhergestellte Galapaflos. Ash und Ferris verfolgen es verzweifelt und versuchen das wütende Galapaflos davon zu überzeugen, dass sie ihm nichts Böses wollen. Team Rocket hingegen hat weiterhin die Absicht, Galapaflos zu fangen, um mit ihm ihren finsteren Plan durchzuführen und die Einall-Region für sich zu gewinnen.