Unsere Freunde wollen gerade mit dem Essen beginnen, als überraschend ihr alter Freund Sanpei mit seinem Quajutsu auftaucht. Die beiden sind auf dem Weg nach Hause nach Ninja Dorf und laden unsere Freunde ein mitzukommen! Dort lernen sie Sanpeis Brüder Ippei und Nihei kennen und auch den Meister des Dorfes, Hanzo, und seine Assistentin Shinobu. Alle sind begeistert von Sanpeis Fortschritten als Ninja und Trainer. Unsere Helden bestaunen die vielen fantastischen Pokémon, die es in Ninja Dorf gibt. Team Rocket, das von seinem Ballon aus das Treiben beobachtet, schmiedet mal wieder Pläne, sie alle zu fangen, als plötzlich, wie aus dem Nichts, eine Schar Panzaeron das Dorf angreift. Gleichzeitig entführt eine Gruppe maskierter Ninja Meister Hanzo! Wer sind sie und was haben sie vor? Die Antwort erfahrt ihr, wenn die Reise weitergeht!