I et mørkt laboratorium laver videnskabsmanden Colress forsøg på en skrækslagen Galvantula for at øge dens styrke med elektromagnetiske bølger. Han er tilsyneladende med i en mystisk organisation ved navn Team Plasma, hvis formål er at få kontrol over Unova-regionen…
Samtidig er vore helte på vej mod De Hvide Ruiner via Floccesy Town, da de bliver angrebet af tre vrede Amoonguss! Ash, Iris og Cilan vinder over dem og tager dem med på Pokémon-centret, som er fuldstændigt overbelagt! Nurse Joy forklarer, at en masse bjerg-Pokémon er kommet ned i byen og har angrebet folk uden nogen særlig grund, og en Træner nævner, at han har set nogle fremmede holde til ved et forladt observatorium tæt ved bjergtoppen.
Ash og de andre begiver sig ud for at undersøge det nærmere, og på vej op ad bjerget advarer en skægget mand dem mod at gå videre, fordi det er for farligt. Han viser sig hurtigt at have ret, da alle Pokémon i området – heriblandt også Pikachu og Axew – vender sig mod gruppen og går til angreb! Heldigvis bruger manden et apparat, der beskytter Pokémon mod de skadelige EM-bølger, og da de falder til ro, tager han sin forklædning af: Det er detektiv Looker fra Det Internationale Politi, der sidst blev set fange Team Galactic i Sinnoh-regionen og nu er i hælene på Team Plasma! Dem har han sporet til det forladte observatorium, og naturligvis beslutter vore helte sig for at gå med for at hjælpe.
Da de finder Team Plasma inde i observatoriet, mener Colress, at Pikachu ville være det perfekte forsøgsobjekt. I et tænderskærende øjeblik kæmper Pikachu mod Colress maskine… men båndet mellem Ash og Pikachu er stærkere end nogen EM-bølge, og Pikachu slipper fri. Colress undrer sig over denne udvikling, men bemærker et besynderligt apparat, der er sat til hans maskine for at stjæle hans data: Det er Team Rocket! Straks tager de noget af udstyret og befrier dermed alle bjerg-Pokémon for videnskabsmandens påvirkning og flygter i deres luftballon. Men et missil fra Team Plasmas luftskib får dem til at suse af sted igen.
Looker finder nu ud af, at resten af udstyret er sat til selvdestruktion, og får hurtigt alle ud af bygningen, før observatoriet springer i luften og ødelægger alle beviser på Team Plasmas tilstedeværelse og Colress’ forsøg. Det får ham til at sværge på, at han vil til bunds i Team Plasmas skumle planer, og Ash og de andre ønsker ham held og lykke, før de genoptager deres færd mod De Hvide Ruiner.