På deres fælles rejse støder N og vore helte pludselig på flere af Team Plasmas håndlangere, der fanger uskyldige Pokémon for at bruge dem som forsøgsobjekter! Under en hård kamp mellem de to parter bliver N fanget i krydsilden og kommer alvorligt til skade. Herefter dukker to mystiske kvinder ud af en tæt tåge og fører den bevidstløse N til en dam i vildnisset, som de sænker ham i, mens vore helte i stilhed overværer dramaet.
Ash og hans venner ser forbløffede på, mens N bliver fuldstændigt helbredt! Snart opdager de, at N og hans to kvindelige kammerater, Concordia og Anthea, bor på et hemmeligt skjulested, som også fungerer som et tilflugtssted for tilskadekomne Pokémon.
N fortæller, at han som barn boede i et stort herskabshus, men aldrig måtte gå udenfor. Han, Concordia og Anthea fik at vide af Ghetsis – Team Plasmas leder – at de var bestemt til at bruge deres evne til at forstå Pokémoners indre stemmer til at forhindre dem i at blive mishandlet af mennesker. Men da Ghetsis blev konfronteret med den Legendariske – og meget vrede! – Reshiram, går det op for dem, at Ghetsis har løjet for dem fra begyndelsen.
Men N og hans kammerater er stadig enige om, at men ikke kan tiltro Pokémoners velbefindende til mennesker, og at Pokémon skal holdes adskilt fra mennesker. Men vore helte vil vise dem, at de tager fejl, så Concordia og Anthea overværer med forbløffelse, hvordan den engang mishandlede Pokémon tør op over for de unge Trænere!
Da Team Plasmas håndlangere opdager, hvor N er, følger endnu en hård kamp. Men vore helte er opgaven voksen, og Team Plasma lider atter nederlag – for denne gang!
Men N, Anthea og Concordia er stadig overbeviste om, at mennesker og Pokémon ikke kan leve sammen, så de tager afsked med vore helte og forsvinder ind i tågen. Nu spekulerer Ash og hans venner på, om de nogensinde får N at se igen.
