Ash flyver en tur på ryggen af Reshiram, Den Legendariske Pokémon, og har det skønt! Pludselig støder de på Iris, der rider på Den Legendariske Pokémon Zekrom, og hun udfordrer dem til kamp! Zekrom udløser en voldsom Thunderbolt, som får Ash til at falde af … og ned i sin seng i Professor Junipers laboratorium. Det var bare en drøm, og da Iris ikke kunne vække ham, bad hun Pikachu om at bruge Thunderbolt på ham. Iris beder ham nu om at gøre sig klar, for næste del af deres eventyr starter i dag! Ash har planer om at tage hjem til Kanto-regionen, så Cilan og Iris finder begge to ud af, at de vil med! Professor Juniper foreslår så, at de rejser til Kanto med et krydstogtsskib, der sejler ind til Decolore-øerne, og den idé synes de alle sammen, er vældig god… og de tre spioner fra Team Rocket er helt enige.
Takket være Team Rockets tyvagtighed ender vore helte dog om bord på et lille skib i stedet for det skib, der i virkeligheden har kurs mod Kanto. Forklædt som purser får Jessie Ash, Iris og Cilan til at overlade deres Poké Balls til hende, og Pikachu og Axew inviteres på en gang Pokémon-mad. Derefter låser hun alle Pokémon inde i legerummet, mens James (forklædt som kaptajn) viser vore helte vej til deres kahyt, hvor han låser dem inde.
Men da Jessie er optaget af noget andet, ruller en Poké Ball væk, og nu kan Oshawott gå på opdagelse på skibet – og den gennemskuer hurtigt Team Rockets plan!
Med en Razor Shell går Oshawott til angreb og rammer kontrolpanelet og afbryder strømmen på skibet, hvilket låser alle dets døre op. Nu får Ash, Iris og Cilan hurtigt fat på deres Pokémon igen, hvorefter de begiver sig ud på dækket for at møde Team Rocket, og så begynder kampen, selvom Cilan advarer dem om, at det nok ikke er en god idé at kæmpe om bord på et skib. Og han viser sig hurtigt at have ret, da Iris beder Excadrill om at bruge Dig, hvorefter den borer lige igennem bunden af skibet, som begynder at synke!
Så suser Team Rocket af sted på en enorm vandstråle, og det lykkes vore helte at flygte. Hurtigt finder de vej til det rigtige skib, og nu er kursen sat mod Kanto via Decolore-øerne, så rejsen fortsætter!
