Fra forstavnen på krydstogtsskibet ser Ash, Iris og Cilan noget, der ligner en kæmpemæssig Pokémon gennem tågen! Ingen andre lader til at have set den, så de beslutter sig for at spørge indbyggerne på deres næste stop, Store Spøgtral Ø, for at høre, om de måske ved noget. En butiksejer fortæller, at nogen vist har set det samme på en lille ø ved siden af, og så løber de straks af sted, før han får chancen for at fortælle dem, at rygtet er ti år gammelt.
Den lille ø viser sig at være et fristed for Pokémon. Da vore helte udforsker skoven, bliver de truet af en kæmpemæssig Heatmor, der jager dem lige ud på kanten af en klippe! Den skræmmer også flere vilde Pokémon, blandt andet en Foongus, der i et febrilsk forsøg på at slippe væk angriber Axew med Spore, så den falder i en dyb søvn! Pikachu forsøger at kæmpe mod den enorme Pokémon, men alle angreb lader til at prelle af. Da en mystisk person klædt i en mørk frakke og solbriller løber ud af skoven for at lægge sig mellem vore helte og den kæmpemæssige Heatmor, forsvinder begge to! Cilan tror, at det er et synsbedrag, men de har større problemer inde på livet: Axew vil stadig ikke vågne, og den skal på et Pokémon-center.
På vejen tilbage til hovedøen, opdager de et gammelt, nedlagt Pokémon-center dybt inde i skoven med en reception fuld af vilde Pokémon, der venter på behandling! Da Iris kalder på hjælp, kommer der en Audino, som henter Nurse Joy… der kommer tilbage uden Audino. Det gør Ash noget forvirret, for Audino og Nurse Joy arbejder altid sammen. Et andet tegn på, at dette Pokémon-center ikke er helt almindeligt, er, at Nurse Joy laver medicin til Axew ved at mose nogle bær sammen i en morter. Men den primitive medicin er effektiv, og Axew vågner op fuld af energi!
Nu kommer den mystiske person med solbriller og præsenterer sig: Hun er en tidligere Nurse Joy, der nu efterforsker Pokémon-centre. Ifølge hende skulle dette Pokémon-center, hvor hun engang har arbejdet, lukkes, fordi der ikke var nogen Trænere på øen. Derefter beskylder hun den yngre Nurse Joy for at være bedrager!
Den yngre Nurse Joy flimrer, og vore helte ser noget mærkeligt: et syn, hvor efterforskeren Nurse Joy for ti år siden indlægger en såret Zorua på Pokémon-centret. Hun fortæller vore helte, at hun slap Zorua fri i skoven efter behandlingen, men den kom ofte tilbage for at hjælpe hende med centret. De to blev gode venner, men til sidst blev centret lukket, og Zorua holdt op med at komme forbi, så hun fik ikke fortalt den, at hun skulle rejse.
Mysteriet bliver snart opklaret: Den Nurse Joy, der helbredte Axew, og hendes Audino, er begge forklædte Zorua! Zoroark – som har udviklet sig fra den Zorua, som Nurse Joy reddede – har drevet Pokémon-centret helt alene for at hjælpe de vilde Pokémon, der bor på øen. Det gør Nurse Joy rørt, og hun tilbyder at blive og genåbne Pokémon-centret officielt, så hun og Zoroark sammen kan tage sig af øens Pokémon. Og efter vore helte har gjort Pokémon-centret grundigt rent, er det så godt som nyt, og vore helte kan rejse videre på nye eventyr!
