Det er en smuk dag på havet, og vore helte nyder den friske luft på dækket, da en Croconaw, en Azumarill og en Octillery ubemærket sniger sig om bord. Da de bryder ind i skibets lagerrum for at stjæle kasser med mad, opdager de, at Team Rocket er i gang med nøjagtig det samme! Skibets alarm går i gang, og Porter fortæller, at det kun kan betyde én ting: Pirater!
Da Pikachu og Snivy går ud for at undersøge sagen, får de øje på de tre langfingrede Pokémon i færd med at skubbe en vogn læsset med stjålen mad. Skibtes mandskab tager jagten op, men skurkene har åbenbart prøvet den slags før. Lynhurtigt hopper de med deres tyvekoster om bord på en tømmerflåde (hvor bandens fjerde medlem, Ducklett, venter som ”flugtbilist”), og så sejler de af sted, men ikke uden først at have slået Team Rocket af skibet og lige i havet!
Mens Meowth sværger, at den vil få foderet tilbage, fortæller Decolore-øernes Betjent Jenny vore helte, at det er en velkendt piratbandes værk, og at de har stjålet alle mulige ting fra folk på alle øerne. Ash, Iris og Cilan tilbyder deres hjælp, og alle tager af sted i Betjent Jennys patruljebåd for at søge efter bandens skjulested.
Meowth finder dog første skjulestedet, men da piraterne opdager Meowth, går de til angreb på trods af dens bønner om at tale om det. Snart har Charizard fundet bandens skjulested fra luften, og så fører den patruljebåden derhen. Betjent Jenny forsøger at anholde banden, men så spørger Ash, hvorfor de har opført sig så dårligt. Med Meowth som tolk kan alle fire Pokémon-pirater fortælle deres triste historier om deres Trænere, der mishandlede og forlod dem. Efter den skuffelse sværgede de at hævne sig på folk ved at stjæle fra dem! Pignite og Snivy kan sagtens forstå deres situation, men da bølgerne går højt, udfordrer de til kamp. Hvis piraterne taber kampen, skal de holde op med deres tyvagtige adfærd. Og det er lige det, der sker.
Da Betjent Jenny og vore helte er ved at gøre sig klar til at tage af sted, blæser det op til storm, og de bemærker en gummibåd i de vilde bølger med tre skrækslagne Darumaka, som desperat klamrer sig til båden! Bølgerne er for voldsomme til patruljebåden, men Croconaw samler banden, og så svømmer alle fire ud og får gummibåden i sikkerhed på land. Det imponerer Betjent Jenny så meget, at hun tilbyder at gøre dem til medlemmer af Kystvagten, men ikke før de har sagt undskyld til alle de mennesker, de har stjålet fra. Og nu hvor piraterne har en lys fremtid for sig, sætter vore helte atter sejl på deres rejse mod Kanto-regionen!