Under deres rejse rundt til Decolore-øerne på vej til Kanto-regionen er vore helte på opdagelse i en gold og klippefyldt del af Capacia-øen. Da de har slået lejr for natten, bliver Pikachu og Axew vækket af den Mytiske Pokémon Jirachi! Det siges, at Jirachi kun er vågen i syv dage hvert tusinde år. Pikachu og Axew fjoller højlydt rundt med Jirachi og vækker de andre helte, og da det går op for Ash, hvad det er, han ser, bliver han så ivrig, at han straks vil være venner…og skræmmer samtidig Jirachi væk.
Da Ash, Cilan og Iris næste morgen taler om, at de har set Jirachi, løber en pige ved navn Gemma hen til dem og beder dem indtrængende om at fortælle, hvor den tog hen. Det viser sig, at hun har et desperat ønske, som Jirachi skal opfylde: Hendes bjerg skal genvinde sin tidligere frodige og grønne tilstand. Senere, da de møder Gemmas mor, finder vore helte ud af, at hendes mand har været ude at rejse i næsten to år for at finde ud af, hvorfor bjerget er tørret ud og er blevet ufrugtbart. En af de mange grunde til, at Gemma så desperat vil have sit ønske opfyldt, er, at så kommer hendes far hjem igen!
Da der kun er syv dage til, at Jirachi falder i søvn igen i tusind år, tilbyder Ash og hans venner at hjælpe Gemma med at finde den flygtige Pokémon, så hun kan få sit ønske opfyldt. Første gang de finder den, går de for hurtigt frem, og den flygter igen. Men de bliver ved med at søge i flere dage – og de er ikke de eneste: Jessie, James og Meowth vil også have fingre i den Mytiske Pokémon!
Endelig, på den syvende dag, finder de Jirachi igen, og denne gang tager Gemma det roligt. Da hun beder om at få sit ønske opfyldt, er Jirachi imødekommende – men bliver straks fanget af Team Rocket! Men Gemmas mod, vore heltes kampevner og Jirachis utrolige styrke til sammen får befriet Jirachi og får Team Rocket ud at suse af sted igen.
Efter den omgang er Gemma skadet og udmattet. Men Gemmas far ankommer og fører dem op til Bjergets helligdom, hvor Gemma fremsætter et nyt ønske: Hun ønsker bare, at Jirachi kommer sig. Det går i opfyldelse, og mens Jirachi genvinder sin energi, begynder vandet igen at pible ud inde fra bjerget. Gemmas familie er atter samlet, bjerget er ved at vågne til live igen, og Jirachi falder i søvn i tusind år, mens vore helte fortsætter deres rejse.
