Midt i en frokostpause bliver vore helte glædeligt overraskede, da deres gamle ven Sanpei og hans Greninja dukker op. De er på vej hjem til Ninja-landsbyen, og de inviterer vore helte med!
Der møder de Sanpeis brødre, Ippei og Nihei, samt landsbyens høvding, Hanzo, og dennes assistent, Shinobu. Alle er imponerede over Sanpeis udvikling som ninja og Træner. Og vore helte forbløffes af alle de fantastiske Pokémon i byen...som Team Rocket planlægger at stjæle alle som én. Men lige pludselig angriber en flok Skarmory landsbyen, og en gruppe maskerede ninjaer bortfører høvding Hanzo! Hvem er de, og hvad er de ude på? Svarene venter forude, for rejsen fortsætter!
