Mens vore helte besøger deres ven Sanpeis fødeby, Ninja-landsbyen, bliver høvdingen Hanzo bortført af en flok mystiske ninjaer! Deres leder er den dygtige ninja Kagetomo, som har ambitioner om at bliver høvding i stedet for Hanzo.
Sanpei og hans brødre beslutter sig for at befri deres høvding, hvorfor de sammen med Ash, Serena og Clemont konfronterer Kagetomo og hans håndlangere direkte. Under den efterfølgende kamp udvikler Ashs Frogadier sig til en umådeligt stærk Greninja! Ninjastyrken overvindes, og Kagetomo erkender sine fejl og beslutter sig for atter at fokusere på sin træning.
Ash og hans venner deltager i den efterfølgende byfest, hvor Hanzo udnævner Sanpeis ældste bror, Ippei, til at være byens næste høvding. Da vore helte er taget af sted, fortæller den mellemste bror, Nihei, de andre, at han så noget ved Ashs Greninja, som mindede ham om landsbyens legendariske helt...
