Vore helte besøger Aether-paradiset, som er en del af Aether-stiftelsen, der ledes af Lillies mor, Lusamine. I bevaringscentret bor der en imponerende samling af Pokémon, blandt andet en gruppe Ditto, som skal vaccineres! Derfor beder professor Burnet Ash og hans venner om hjælp til vaccinationerne, mens Lusamine har travlt med at tale i telefon. Desværre undslipper en Ditto og fører vore helte ud på en  munter jagt, mens den bliver ved med at forandre sig. Til sidst fanger de den, da den forvandler sig til Snowy - og Lillie bemærker, at hun ikke kan røre ved den! Team Rocket har imidlertid scoret arbejde i Aether-paradiset, og de er lige i hælene på Nebby, da de falder over Fabas mystiske laboratorium...