Da Ash og Goh erfarer, at der er opfanget et signal, som tilsyneladende stammer fra Mew, tager de af sted til en øde ø for at undersøge det nærmere. Der finder de en skov, som er fuld af vilde Pokémon, deriblandt en flok Pokémon, som af uforklarlige årsager er meget bange. Vore helte følger efter dem - og til deres store forbløffelse dukker Mewtwo op! Da de indvier den i deres drømme, indvilger den i at tage en kamp, men de kan slet ikke måle sig med dens styrke. Efter nederlaget erfarer Ash og Goh, at Mewtwo beskytter Pokémon, som er blevet mishandlet af mennesker. Da Mewtwo tager afsked, er Ash og Goh totalt overvældede af deres oplevelse!