Da Dawns Piplup trækkes gennem en mystisk portal af en, som ligner hende på en prik, beder hun Ash om hjælp, og så følger Goh og Chloe med. Snart dukker et ualmindeligt kompetent Team Rocket frem fra en portal og stjæler Lucario og Inteleon, og så jager Dawn og Goh dem ind i en parallel verden - en verden uden Pokémon! Der møder de den anden Dawn, som forklarer, at tiden går baglæns i hendes verden, hvilket får Pokémon til at glemme træk, skrue deres udvikling tilbage og endda blive Æg igen. Efter undersøgelser med Sinnohs Champion, Cynthia, tager Ash og Chloe også til den anden verden. Kan de opklare mysteriet?