Ash, Goh, Chloe og Dawn er rejst gennem mystiske portaler og befinder sig nu i en parallelverden, hvor tiden går baglæns, så Pokémon bliver til Æg igen! Sammen med deres modstykker i parallelverdenen udforsker Ash og hans venner portalernes udspring og finder de Legendariske Pokémon Dialga og Palkia i fuld gang med at kæmpe. Da vore helte har slået parallelverdenens Team Rocket, bliver de påvirket af tiden, der går baglæns, og bliver yngre! I et desperat forsøg på at stoppe de Legendariske Pokémons slåskamp og genoprette rumtiden deler de deres følelser med Dialga, Palkia og den Mytiske Pokémon Arceus, som viser sig et kort øjeblik for at standse konflikten. Nu er alt normalt igen, og vore helte kan tage hjem!