Da Ash ser de Legendariske Pokémon Solgaleo og Lunala i en drøm, afgiver han et løfte til dem, men da han vågner, kan han ikke huske, hvad det var! Kan den mærkelige Pokémon ved navn Nebby mon hjælpe på hans hukommelse? Sammen med deres nye ven og alle eleverne på Pokémon-skolen udforsker Ash og Pikachu Aether-stiftelsen, en organisation til bevaring og pleje af Pokémon. Alt er dog ikke så uskyldigt, som det virker på overfladen, så Ash og hans venner må arbejde sammen om at beskytte de mennesker og Pokémon, som de holder af, da de konfronteres med en mystisk kraft, der ikke er som noget, de nogensinde er stødt på før.