Tras concluir que los Exploradores están detrás de la aparición de una torre misteriosa en una isla cercana, los Voltionautas entran en acción. Doti comienza a trabajar en un programa para desactivar una máquina que los Exploradores planean usar para atraer al Rayquaza negro, mientras que Friede, Liko y Rod se dirigen a la torre a investigar. Espinel atrapa a Friede y el Capitán Pikachu dentro, pero logran escapar luego de una gran batalla. Mientras tanto, Liko y Rod encuentran a Calci, Coral y Sidian en un faro, donde los Exploradores están usando su máquina para imitar la resonancia entre Terapagos y Rayquaza. Cuando Rayquaza aparece por fin, los Exploradores lanzan un ataque sorpresa. ¿Tendrá éxito su plan?