En el Lago Naranja al extremo sur de Kanto, un entrenador llamado Lawrence está en una misión siniestra: atrapar a los Pokémon legendarios Articuno, Zapdos y Moltres, en un intento por despertar a Lugia, el guardián de la mar. Cuando Ash y sus amigos llegan, los isleños le piden que reúna tres orbes elementales de diferentes islas. A medida que el clima de todo el mundo sale de control, se hace evidente que la captura del trío Legendario ha le ha quitado el equilibrio al medio ambiente. Con la ayuda de Lugia, ¿podrá Ash encontrar los orbes, restablecer el equilibrio, y ser el "elegido" al que todo el mundo ve?