¡Ash, Brock y Dawn conocen a una misteriosa chica llamada Marley, quien se encarga de cuidar del Pokémon Mítico Shaymin! Después de un encuentro sorpresa con el Equipo Rocket y una serie de ataques venenosos de Seviper, Shaymin ha estado enfermo y débil, pero Brock le ayuda a mejorarse.

El tiempo se está acabando para que Shaymin encuentre la Gracídea que necesita para cambiar a la Forma Cielo y partir a su travesía floral.  Marley reúne a nuestros héroes para que la ayuden a llevar Shaymin al otro lado de la montaña, ¡y para que los protejan de un ataque del Equipo Rocket! ! Finalmente, nuestros amigos llegan al jardín secreto de Gracídeas, ¡donde Shaymin evoluciona a Forme y emprende el vuelo con sus amigos!