Así como Pikachu fue aquejado por una misteriosa enfermedad que afectó todos sus movimientos tipo Eléctrico, de la misma manera una segunda tormenta lo curó por completo. Atribuyéndolo la terrible experiencia a las acciones del Pokémon Legendario, Zekrom, los Profesores Oak y Juniper coinciden en que se requiere una investigación más a fondo.

Mientras tanto, el Equipo Rocket llega a Región Unova y se prepara para una operación diseñada para robar a Pikachu y a Zekrom. Ash también ha decidido continuar su viaje, allí mismo, en Región Unova. Armado con un nuevo Pokédex y Pokébolas nuevas, nuestro héroe se propone conocer al mayor número posible de Pokémon de Región Unova. En el camino, se encuentra con Iris y su Pokémon Axew mientras atrapa a su primer Pokémon de Región Unova, Pidove. Sin embargo, poco después, el Equipo Rocket echa a andar su malvado plan, ¡y se roban a Pikachu, Pidove y Axew! Por supuesto, sin siquiera tomar descanso, Ash entra en acción, luchando contra sus viejos enemigos Jessie, James y Meowth. Con la ayuda inesperada de lo que pensaba que era un Pokémon tímido, Oshawott (que había estado siguiendo a Ash y Pikachu), los Pokémon de Ash e Iris regresan a sus entrenadores sanos y salvos, mientras que el Equipo Rocket desaparece misteriosamente.

Después de visitar el Centro Pokémon, donde la Enfermera Joy restaura a Pikachu, Axew y Pidove a un perfecto estado de salud, Iris tiene que admitir que, a pesar que Ash sea "tan infantil", está impresionada con la forma en la que entró en acción para salvar a sus tres Pokémon, mientras que Ash se pregunta por qué Oshawott les ayudó de la manera que lo hizo…