Al continuar juntos con su viaje, nuestros héroes y N de repente se encuentran con varios soldados del Equipo Plasma, ¡quienes están atrapando y usando a inocentes Pokémon como sujetos de pruebas! Cuando se inicia una feroz batalla entre ambos bandos, N queda atrapado en el fuego cruzado y acaba gravemente herido. Dos mujeres misteriosas emergen de entre una espesa niebla y llevan al inconsciente N a un estanque en el bosque y lo sumergen, mientras nuestros héroes contemplan en silencio el drama que se desarrolla.

Mientras observan asombrados, Ash y sus amigos ven a N sanar completamente. Pronto descubren que N y sus dos compañeras, Concordia y Anthea, viven en un escondite secreto que también funciona como un santuario para los Pokémon heridos.

N describe cómo él vivía en una mansión cuando era un niño pequeño, pero nunca se le permitió salir al exterior. Ghetsis, el líder del Equipo Plasma, les dijo a N, Concordia y Anthea que ellos estaban destinados a utilizar sus poderes de entendimiento de las voces interiores de los Pokémon para evitar que estos fueran maltratados por las personas, pero cuando Ghetsis fue confrontado por el Legendario (y muy enfadado) Reshiram, ellos se dieron cuenta de que Ghetsis les había estado mintiendo a todos.

Ahora, N y sus compañeras siguen pensando que no se puede confiar en las personas para que cuiden del bienestar de los Pokémon y creen que los Pokémon necesitan estar alejados de las personas. Sin embargo, nuestros héroes están determinados a demostrarles que están equivocados, y Concordia y Anthea pronto quedan asombradas al ver cómo los Pokémon que habían sido maltratados, entran en confianza con los jóvenes Entrenadores.

Cuando los soldados del Equipo Plasma descubren el paradero de N, se inicia otra feroz batalla, pero nuestros héroes se ponen a la altura de las circunstancias y el Equipo Plasma es derrotado nuevamente, por ahora.

Sin embargo, N, Anthea y Concordia siguen convencidos de que las personas y los Pokémon no pueden coexistir, así que se despiden de nuestros héroes y desaparecen entre la niebla. Ash y sus amigos se preguntan si alguna vez volverán a ver a su amigo N.