El plan de Lysandre de tomar Ciudad Lumiose continúa, y nuestros héroes hacen lo que pueden para detenerlo. Ash y sus Pokémon fueron capturados, pero cuando Alain se da cuenta de que su trabajo con Lysandre condujo a este desastre, los ayuda a todos a liberarse. Ash y Alain unen fuerzas para retar a Lysandre a una batalla.

Blandito, ahora revelado como el Pokémon Legendario Zygarde, todavía intenta llegar con el Zygarde del Equipo Flare, pero las terribles máquinas del Equipo Flare pronto ponen a Blandito también bajo su control, mientras Bonnie observa desesperada. El destino del mundo pende de un hilo, ¿quién resultará victorioso?