A la mitad de su almuerzo, nuestros héroes son felizmente sorprendidos con la aparición de su Viejo amigo Sanpei y su Greninja. Ellos se dirigen a su hogar en la Villa Ninja, y nuestros héroes están invitados. Ahí se encuentran con los hermanos de Sanpei, Ippei y Nihei, así como con el jefe de la villa, Hanzo y su asistente Shinobu. Todos están impresionados con el crecimiento de Sanpei como ninja y Entrenador. Nuestros heroes se maravillan con todos los asombrosos Pokémon que hay ahí… y el Equipo Rocket, que los ve desde arriba, trama atraparlos a todos. De la nada, varios Skarmory atacan la villa, ¡y un grupo de ninjas enmascarados secuestran al jefe Hanzo! ¿Quiénes son ellos y cuáles son sus intenciones? Las respuestas se revelarán cuando el viaje continúe.