Mientras nuestros héroes visitaban el hogar de su amigo Sanpei en la Villa Ninja, el Jefe Hanzo es capturado por un grupo de ninjas misteriosos. Su líder es Kagetomo, un dotado ninja que ha decidido que él debe ser el jefe en lugar de Hanzo. Sanpei y sus hermanos están decididos a liberar a su jefe, así que se enfrentan a Kagetomo y a sus secuaces, con la ayuda de Ash, Serena, y Clemont. Durante la batalla, el Frogadier de Ash evoluciona en un Greninja inmensamente poderoso. La fuerza ninja es derrotada, y Kagetomo ve el error en sus acciones y decide reenfocarse en su entrenamiento. Ash y sus amigos se quedan a disfrutar el festival de la villa, donde Hanzo nombra al hermano mayor de Sanpei, Ippei, como el próximo. Después de que nuestros héroes se van, el hermano de en medio, Nihei, les cuenta a los otros que vio algo en el Greninja de Ash que le recordó acerca del antiguo héroe de la villa …