Nuestros héroes visitan el Paraíso Æther, parte de la Fundación Æther dirigida por la madre de Lillie, Lusamine. Una impresionante variedad de Pokémon vive en la reserva natural, ¡incluyendo un grupo de Ditto que necesitaba sus vacunas! La profesora Burnet recluta a Ash y sus amigos para ayudarla con las vacunas, mientras Lusamine está ocupada en el teléfono. Uno de ellos escapa y lleva a nuestros héroes a una persecución donde los despistan cambiando de forma. Eventualmente lo descubren disfrazado con la forma de Níveo ¡gracias a que Lillie se da cuenta que no puede tocarlo! Mientras tanto, el Equipo Rocket ha conseguido trabajo en el Paraíso Æther, y siguen de cerca los pasos de Nebby hasta que descubren el misterioso laboratorio de Faba…