Después de viajar por los misteriosos portales, Ash, Goh, Chloe y Dawn llegan a un mundo paralelo ¡donde el flujo del tiempo está retrocediendo y esta causando que los Pokémon se conviertan en Huevos! Junto con sus contra partes del mundo paralelo, Ash y sus amigos investigas el origen de los portales y encuentran a los Pokémon Legendarios Dialga y Palkia enfrentandose en una batalla. Después de derrotar al Equipo Rocket del mundo paralelo, nuestros héroes mismos son afectados por el tiempo en reversa, ¡volviéndose más pequeños! Desesperados por detener la pelea de los Pokémon Legendarios y restaurar el tiempo, comparten sus sentimientos con Dialga y Palkia y con el Pokémon Mítico Arceus, quien por un momento aparece para resolver el conflicto. ¡Con todo de regreso a la normalidad, nuestros héroes regresan a casa!