Cada año la ciudad de Alto Mare celebra una carrera especial de Pokémon de tipo Agua a través de sus canales; y esta vez, ¡Ash y Misty son los principales competidores! Aunque Ash no gana, halla su propio puesto especial en el corazón de una chica misteriosa que le rescata de dos pícaras mujeres. Pero esta no es una chica normal y corriente: ¡en realidad es Latias Legendaria disfrazada!
Ash echa un exclusivo vistazo al mundo secreto de Latios y Latias, pero este mundo pronto se verá amenazado por las dos mujeres de antes (Annie y Oakley) que están intentando hacerse con los dos Pokémon Legendarios, así como de una joya misteriosa llamada Rocío Bondad. Esto les dará el control de una poderosa máquina que normalmente protege contra el peligro. Cuando la máquina se avería, no solo pone a Latios y Latias en un grave peligro, ¡sino a toda la ciudad de Alto Mare!