Siempre hay quienes buscan contener y capturar a Pokémon poco comunes; y hay quienes protegerían a estos Pokémon únicos de las fuerzas del mal. Eso mismo pasó hace cuarenta años, cuando Celebi se encontró a sí mismo huyendo de un cazador despiadado, y un joven Entrenador, llamado Sammy, fue a su rescate. Estos Pokémon desaparecieron repentinamente, convirtiéndose en otra extraña leyenda de la que los ciudadanos hablan.

En el presente, Ash y sus amigos llegan al bosque, y mientras que la historia de Sammy y Celebi podría parecer solo eso al principio, una historia, ¡descubren la verdad cuando el chico y el Pokémon aparecen de nuevo! Aunque ambos se recuperan de su terrible experiencia ,hace ya cuarenta años, las cosas no han mejorado precisamente: ¡todavía hay gente que quiere capturar a Celebi! Ahora es el maleante Máscara de Hierro, y su plan podría ser el más cruel hasta ahora visto. Tiene en su poder unas Bolas Oscuras, que hacen que cada Pokémon capturado en ellas sea como un zombi obediente y malvado. ¿Pueden Ash, Sammy, Misty y Brock resistir el poder de un Celebi poseído y devolverlo a su estado habitual?