El siniestro plan del Team Rocket para robar los Pokémon del Centro Pokémon de Ciudad Mayólica continúa a un ritmo frenético. Y nuestros héroes, junto a los Jefes de Metro, Fero y Caril, los persiguen implacablemente. En el camino encuentran un obstáculo tras otro, hasta que Millo cae en que el Tren Fantasma deberá salir a la superficie en algún punto. Por ello se dirigen a la terminal de trenes de Pueblo Biscuit, donde descubren que tenía razón.

Mientras tanto, los Pokémon cautivos de nuestros héroes intentan escapar del Tren Fantasma. Uniendo sus fuerzas, Pikachu, Snivy, Excadrill, Roggenrola, Tepig, Pansage y el resto de los Pokémon se liberan de sus jaulas. Después, con la ayuda de nuestros héroes, sumada a la del Chandelure de Fero, desenganchan el eslabón que une su vagón al del Team Rocket. Al final, ni la ayuda del Doctor Zager desde su helicóptero consigue impedir que nuestros héroes malogren los planes del Team Rocket.

Aunque Pikachu está furioso porque Meowth nunca dejó de pertenecer al Team Rocket, Ash le dice a Meowth que ha disfrutado con su compañía en su viaje a Ciudad Mayólica.

El Team Rocket y el Doctor Zager huyen en su helicóptero prometiendo volver a la lucha algún día. Por fin Ash puede concentrarse en su Combate de Gimnasio en Ciudad Mayólica, contra la Líder del Gimnasio Mayólica, Camila.