Resumiendo el episodio anterior, nuestros héroes atraviesan el Monte Tuerca, donde conocen a un arqueólogo Pokémon llamado Ferris, que ha descubierto un Fósil Tapa. Sin embargo, el Team Rocket también va tras ese fósil y consigue robarlo y clonar el antiguo y extinto Pokémon Tirtouga. Pero, cuando Tirtouga huye en un estado de miedo y confusión, nuestros héroes corren en su busca.

Tras derrotar a un trío de Whirlipede y de convencer a Sierra de que Tirtouga fue clonado de un Fósil Tapa, un poco de mimos y algo de comida recogida por Millo, convencen a Tirtouga de que puede confiar en Ash y sus amigos.

De pronto, el Team Rocket aparece de nuevo, atrapando a Tirtouga con el objetivo de utilizar su energía vital para abrir el Portal del Tiempo. Pero Tirtouga evoluciona a Carracosta. Cuando oye que sus amigos lo están llamando, Carracosta corre hacia el Portal del Tiempo, llevando hasta allí a nuestros héroes, a Ferris y a Sierra. Cuando el bucle espacio-temporal se abre del todo, los amigos de Carracosta del mundo del pasado entran en el mundo actual para ayudar. Usando Poder Pasado, los otros Carracosta liberan a su amigo de la trampa del Team Rocket y llega el momento en que todos los Carracosta vuelven a entrar en el mundo del pasado.

Cuando Carracosta comprende con alegría que Ferris era ese niño que entró en el mundo del pasado años antes y que se hizo su amigo, tiene lugar una emotiva despedida, y la malvada misión del Team Rocket, una vez más, fracasa.