Desde la proa del crucero de lujo, Ash, Iris y Millo ven lo que parece un Pokémon gigante a través de la niebla. Nadie más parece haberlo visto, por lo que deciden preguntar en su próxima escala, la Isla Espectral, para ver si los isleños saben algo. Un tendero les habla de un rumor sobre dicha visión en una isla pequeña cercana y, enseguida, corren a investigar antes de que él pueda decirles que el rumor es de hace diez años.

La pequeña isla parece ser un refugio Pokémon. Mientras exploran el bosque, nuestros héroes son amenazados por un Heatmor gigante que los arrincona hasta el borde de un precipicio y asusta a algunos Pokémon salvajes, incluido un Foongus que ataca a Axew con Espora en un intento desesperado de huir, produciéndole un profundo sueño.

Pikachu trata de combatir contra el Pokémon gigante, pero ninguno de sus ataques parece ser eficaz. Entonces, una persona misteriosa con un abrigo oscuro y gafas de sol sale corriendo del bosque para interponerse entre nuestros héroes y el Heatmor gigante y, acto seguido, ambos desaparecen. Millo opina que están viendo espejismos, pero tienen un problema mayor entre manos. Axew sigue sin despertar, y necesitan llevarlo a un Centro Pokémon.

En su camino de vuelta hacia la isla principal, descubren un viejo Centro Pokémon abandonado, oculto en lo más profundo del bosque. En su vestíbulo hay un montón de Pokémon salvajes esperando tratamiento. Iris pide ayuda y aparece Audino, que corre a traer a la Enfermera Joy, que vuelve sin Audino. Ash empieza a no entender nada, puesto que la Enfermera Joy y Audino siempre trabajan en equipo. Otra señal de que este Centro Pokémon es un tanto misterioso es que la Enfermera Joy prepara la medicina para Axew triturando algunas Bayas en un mortero. Pero, aunque sea un método un tanto antiguo, resulta eficaz, y Axew despierta lleno de energía.

Entonces, la misteriosa figura con las gafas aparece de nuevo y se presenta. Es una Enfermera Joy, unos años mayor, que se encarga de investigar los Centros Pokémon. Les cuenta que ese centro, donde años atrás ella trabajó, debería estar cerrado, puesto que no hay Entrenadores en la isla. Y, acto seguido, acusa a la Enfermera Joy más joven de ser una impostora.

La joven Enfermera Joy empieza a centellear, y nuestros héroes tienen una visión. Ven a la Enfermera Joy Investigadora hace diez años, trayendo a un Zorua herido al Centro Pokémon.

Cuenta a nuestros héroes que soltó a Zorua en el bosque tras su curación, pero que, a menudo, volvía para ayudarla en el centro. Los dos se hicieron buenos amigos, pero, al final, el centro se cerró y, como Zorua había dejado de ir, ella no pudo avisarle del cierre.

Pronto se aclara todo: la Enfermera Joy que ha curado a Axew y su ayudante, Audino, son Zoroark disfrazado. Zoroark, que evolucionó del Zorua que rescató la Enfermera Joy, se ha encargado del Centro Pokémon para ayudar a los Pokémon salvajes que viven en la isla. Esto conmueve a la Enfermera Joy, y decide quedarse y reabrir el Centro Pokémon oficialmente para que Zoroark y ella puedan cuidar juntos a los Pokémon de la isla. Y, tras una meticulosa limpieza, cortesía de nuestros héroes, el Centro Pokémon queda como nuevo, y nuestros héroes parten hacia su siguiente aventura.