Mientras continúan su visita por las Islas Decoloras en su ruta hacia la región de Kanto, nuestros héroes exploran una parte rocosa y árida de la Isla Gigantia. Tras decidir dar por terminada la jornada y establecer el campamento, a Pikachu y a Axew los despierta el Pokémon singular Jirachi. Se dice que Jirachi está despierto solo siete días cada mil años. Estando jugando Pikachu y Axew con Jirachi, el escándalo despierta al resto de nuestros héroes, y, cuando Ash se percata de lo que está viendo, se emociona y corre a hacerse amigo suyo, asustando y ahuyentando a Jirachi.
A la mañana siguiente, mientras Ash, Millo e Iris conversan sobre Jirachi, una niña llamada Gemma llega corriendo y les suplica que le digan adónde ha ido. Les cuenta que desea desesperadamente que Jirachi le conceda su deseo: devolver a su montaña natal su antiguo estado de exuberancia y verdor. Más tarde, cuando conocen a la madre de Gemma, nuestros héroes se enteran de que su marido lleva de viaje casi dos años para tratar de descubrir por qué la montaña se ha secado y se ha vuelto árida. Una de las razones por las que Gemma desea tan desesperadamente que su deseo sea concedido es que su padre vuelva a casa.
Como solo tienen siete días antes de que Jirachi vuelva a dormirse otros mil años, Ash y sus amigos se ofrecen a ayudar a Gemma a encontrar al huidizo Pokémon para que le conceda su deseo. La primera vez que lo encuentran, se acercan demasiado rápido y vuelve a huir, pero siguen buscando día tras día. Aunque ellos no son los únicos: Jessie, James y Meowth también quieren apoderarse del Pokémon singular.
Por fin, el séptimo día, encuentran a Jirachi. Esta vez, Gemma se mantiene en calma. Cuando le pide que le conceda su deseo, Jirachi accede, pero este es atrapado por el Team Rocket. Sin embargo, la valentía de Gemma, las habilidades de combate de nuestros héroes y el asombroso poder de Jirachi se combinan para liberarlo y enviar al Team Rocket a despegar de nuevo.
Pero Jirachi está agotado y herido. El padre de Gemma llega y los lleva al Santuario de la Montaña, donde Gemma expresa un nuevo deseo: solo quiere que Jirachi se ponga bien. Su deseo le es concedido y, mientras que Jirachi recupera la energía, el agua comienza a fluir del interior de la montaña. La familia de Gemma se reúne, la montaña está en vías de recuperarse, y Jirachi vuelve a su sueño de mil años mientras nuestros héroes continúan su viaje.
