A pesar de los esfuerzos de nuestros héroes, los Equipos Aqua y Magma siguen con sus planes para usar la fuerza sobrecogedora de dos Pokémon ancestrales para dominar el mundo. Mientras Pikachu lucha por liberarse del influjo del antigu Prisma Azul, su equivalente, el Prisma Rojo, confunde al líder del Equipo Aqua. Superado por sus ansias de poder, el líder no tiene reparos en destruir cualquier cosa que se interponga entre él y la dominación del mundo.