Plasmaryhmä jatkaa pahaa suunnitelmaansa Valon kiven varastamiseksi ja N:n sieppaamiseksi, joten Cilan ja Iris kamppailevat vastaan hurjasti Ashin ja N:n ollessa vankina maan alla. N aistii maan pinnalla tapahtuvat kauheudet kuullessaan Pokémon-ystäviensä kauhunhuudot. Ash päättää vihdoin, että heidän on päästävä pois maan alta auttamaan muita ja muistaa yhden professori Cedric Juniperin seikkailusäännöistä: älä luovuta koskaan ennen loppua! N:n katsellessa ihmetellen vierestä Ash ottaa esiin loputkin Pokémoneistaan ja pian koko joukko tekee yhteistyötä kaivaen tunnelia maan pinnalle. N ihastelee Ashin ja Pokémonien välistä yhteyttä.
Sillä välin maan pinnalla Colress on aktivoinut Pokémonien hallintalaitteensa, jolloin Iris ja Cilan joutuvat palauttamaan Crustlen ja Dragoniten takaisin Poképalloihin, jottei laite saa kaapattua niitä. He ovat siis puolustuskyvyttömiä ja pian Plasmaryhmä vangitseekin heidät! Aldith haluaa Barretin lähettävän kaapatut Pokémonit maan alle heidän kohteidensa perään, mutta juuri samalla hetkellä Krookodile läpäisee maanpinnan ja sen perässä tulevat Charizard, Ash ja N Valon kivi mukanaan!
Colress suuntaa laitteensa Ashin Pokémoneihin. Ash kiirehtii saadakseen ne kaikki turvaan, kaikki paitsi Pikachun, joka ei tunnetusti pidä Poképallostaan. Colressin kone kaappaa Pikachun, joka muristen hyökkää sankareidemme kimppuun. Ash yrittää saada parhaan ystävänsä tunnistamaan hänet, mutta ei onnistu yrityksessään. Pikachu räväyttää Thunderboltin täydellä voimalla lähietäisyydeltä, ja Ash menettää tajuntansa.
Epätoivoissaan N tarjoaa itseään sekä Valon kiveä, mikäli Colress sammuttaa laitteen ja vapauttaa Pikachun. Pian N onkin Plasmaryhmän vankina ja Pikachun palatessa takaisin omaksi itsekseen se halaa haavoittunutta Ashia. Pian paikalle saapuu Ghetsis ja hän paljastaa tarkoitusperänsä: hän aikoo herättää legendaarisen Pokémonin, Reshiramin, Valon kivestä ja kaapata sen laitteellaan! Pystyvätkö sankarimme pysäyttämään rikollisen juonen ennen kuin on liian myöhäistä?