Luksusristeilylaivan keulassa ollessaan Ash, Iris ja Cilan näkevät sumun läpi jättimäisen Pokémonin! Kukaan muu ei tunnu nähneen sitä, joten he päättävät tutkia asiaa seuraavassa satamassa Grand Spectrala –saarella, ja kysellä tietävätkö saarelaiset mitään asiasta. Kauppias kertoo jätti-Pokémon-havainnoista läheisellä pikku saarella. Sankarimme lähtevät välittömästi matkaan ennen kuin kauppias ehtii edes kertoa, että huhu oli 10 vuoden takaa.
Pikku saari on mitä ilmeisimmin Pokémon-suojelualue. Tutkiessaan metsää sankarimme joutuvat jättimäisen Heatmorin takaa-ajamiksi ja he melkein tipahtavat kielekkeeltä alas! Se pelästyttää myös joukon villejä Pokémoneja, joiden joukossa ollut Foongus hyökkää Axew’n kimppuun Sporella yrittäessään paniikissa paeta. Sen seurauksen Axew vaipuu sikeään uneaa! Pikachu yrittää taistella jätti-Pokémonia vastaan, mutta sen hyökkäyksissä ei näytä olevan mitään tehoa. Silloin salaperäinen henkilö tummassa takissaan ja aurinkolaseissaan syöksyy metsästä mennen sankareidemme ja Heatmorin väliin. Sitten molemmat katoavat! Cilan uskoo heidän kohdanneen illuusion, mutta heillä on suurempiakin ongelmia käsissään. Axew ei edelleenkään herää – heidän on päästävä Pokémon-keskukseen.
Paluumatkallaa he löytävät vanhan, ränsistyneen Pokémon-keskuksen metsän uumenista. Sen aula on täynnä villejä Pokémoneja odottamassa hoitoa! Iris huutaa apua, jolloin paikalle tulee Audino, joka juoksee hakemaan hoitaja Joyn... joka palaa ilman Audinoa. Ash on kummissaan, sillä hoitaja Joy ja Audino tekevät aina yhdessä töitä. Lisää vihjeitä Pokémon-keskuksen erikoisuudesta tulee siitä, että hoitaja Joy tekee Axew’n lääkkeen survomalla marjoja morttelissa. Alkukantainen keino tepsii ja Axew herää täynnä energiaa!
Sitten salaperäinen hahmo aurinkolaseissaan ilmestyy ja esittelee itsensä: hän on vanhempi hoitaja Joy, joka nyt tutkii Pokémon-keskuksia. Hän sanoo, että tämä keskus, jossa hän ennen työskenteli, on suljettu, koska saarella ei ole kouluttajia. Sitten hän syyttää nuorempaa hoitaja Joytä huijariksi!
Nuorempi hoitaja Joy alkaa loistaa ja sankarimme todistavat jotakin outoa: he näkevät näyn tarkastajahoitaja Joyn menneisyydestä 10 vuottan sitten. Hän on tuomassa loukkaantunutta Zoruaa Pokémon-keskukseen. Hän kertoo sankareillemme, että vapautti Zoruan metsään hoidon jälkeen, mutta se tuli silti auttamaan häntä keskuksella. Heistä tuli hyvät ystävät, mutta lopulta keskus suljettiin, ja koska Zorua oli lakannut käymästä, hoitaja ei voinut kertoa sille, että oli lähdössä.
Pian kaikki selviää: hoitaja Joy, joka paransi Axew’n ,sekä hänen apurinsa Audino olivat molemmat naamioitunut Zoroark! Zoroark, joka kehittyi hoitaja Joyn pelastamasta Zoruasta, on pitänyt Pokémon-keskusta toiminnassa itsekseen auttaakseen saarella asuvia villejä Pokémoneja. Hoitaja Joy liikuttuu ja tarjoutuu jäämään ja aukaisemaan Pokémon-keskuksen virallisesti, niin että hän ja Zoroark voisivat huolehtia yhdessä saaren Pokémoneista. Sankareidemme suorittaman huolellisen siivouksen jälkeen Pokémon-keskus näyttää kuin uudelta ja sankarimme jatkavat kohti seuraavaa seikkailua!
