Jatkaessaan Decolore-saarten kiertomatkaansa sankarimme tutkivat kivistä ja autiota Capacia-saaren osaa. He leiriytyvät yöksi, mutta pian myyttinen Pokémon Jirachi herättää Pikachun ja Axewn! Sanotaan, että Jirachi herää joka tuhannes vuosi viikon ajaksi. Pikachun ja Axewn leikkiessä Jirachin kanssa muut sankarimme heräävät meteliin. Kun Ash tajuaa mitä hänen silmiensä edessä tapahtuu, hän innostuu ja syöksyy ystävystymään, mutta pelottaa samalla Jirachin pois. Seuraavana aamuna Ash, Cilan ja Iris keskustelevat Jirachin näkemisestä jolloin Gemma-niminen tyttö juoksee paikalle ja pyytää heitä kertomaan minne se meni. Ilmenee, että hän haluaa epätoivoisesti Jirachin toteuttavan toiveensa, joka on vuoristoisen kotiseudun palauttaminen takaisin entiseen vihantaan tilaansa. Myöhemmin heidän tavatessaan Gemman äidin sankarimme saavat tietää, että hänen aviomiehensä on matkannut lähes kahden vuoden ajan ja yrittänyt selvittää miksi vuori on kuivunut ja tullut elottomaksi. Yksi syistä Gemman epätoivoon saada toive toteutettua onkin se, että hänen isänsä voisi palata kotiin! Koska aikaa on vain viikko ennen kuin Jirachi jatkaa tuhannen vuoden uniaan, Ash ystävineen tarjoutuu auttamaan Gemmaa löytämään karkuteillä olevan Pokémonin ja toteuttamaan hänen toiveensa. Kun he ensi kerran löytävät sen, he lähestyvät sitä liian nopeasti ja se pakenee uudestaan. Silti he jatkavat etsimistä päivä toisensa jälkeen, mutta he eivät ole ainoita. Jessie, James ja Meowth haluavat saada myyttisen Pokémonin näppeihinsä! Lopulta, viikon viimeisenä päivänä he löytävät Jirachin uudestaan ja tällä kertaa Gemma pysyy rauhallisena. Kun hän pyytää Jirachilta toiveensa toteutusta, Jirachi suostuu. Samassa Rakettiryhmä nappaa sen! Gemman rohkeus, sankareidemme ottelutaidot ja Jirachin ihmeellinen voima yhdistettyinä vapauttavat Jirachin ja pian Rakettiryhmä häippäisee jälleen. Jirachi on väsynyt ja loukkaantunut välikohtauksen jälkeen. Gemman isä saapuu ja johtaa heidät vuoren temppeliin, jossa Gemma esittää uuden toiveen: hän haluaa Jirachin paranevan. Gemman toive toteutuu ja kun Jirachi saa voimansa takaisin alkaa vesi virrata vuoren sisältä. Gemman perhe on taas yhdessä ja Jirachi jatkaa tuhatvuotista untaan sankareidemme jatkaessa matkaansa.