Jessie, James ja Meowth ovat jälleen kerran suunnittelemassa kuinka sieppaisivat Pikachun, kun heidät keskeyttää kaksi salaperäistä hahmoa: huppupäinen nainen, joka kulkee nimellä Madame X, sekä Malamar, Pokémon, jolla on uskomattomat hypnoosivoimat. Jessie ja James joutuvat pian Malamarin hypnoosiin alle, mutta Meowth pakenee ja juoksee suoraan sankareidemme syliin! Ash, Serena, Clemont ja Bonnie auttavat loukkaantuneen Meowthin takaisin jaloilleen, jolloin se varoittaa, että Madame X ja Malamar ovat tulossa Pikachun perään. Ja juuri niin tapahtuukin kahden edellämainitun saapuessa mielenhallinnassa pitämiensä Jessien ja Jamesin kera. He sieppaavat Pikachun Malamarin Psychicillä ja poistuvat piilopaikkaansa. Clemontilla on uusi keksintö, Pikachun muotoinen robotti, joka on suunniteltu jäljittämään Pikachun energiajälkeä. Robotti johdattaa sankarit observatorioon, jossa se takertuu aitaan ja räjähtää. Clemont suorittaa pikakorjauksia samalla kun Bonnie huomaa konstaapeli Jennyn moottoripyörän olevan parkeerattu rakennuksen ulkopuolelle.
Sankareittemme tutkiessa asiaa, he löytävät Madame X:n sisäpuolelta, Malamarin lumoihin joutuneen Pikachun kanssa! Malamar hypnotisoi pikaisesti Serenan, Bonnien ja Clemontin, mutta Meowth käy Ashin kimppuun pitääkseen hänet selväpäisenä. Pikachu tottelee aluksi Madame X:n käskyjä Ashin kimppuun käymisestä, mutta Ashin ja Pikachun välillä oleva suhde on vahvempi kuin hypnoosin voima, ja Pikachu onnistuu heräämään transsistaan! Sitten Pikabot alkaa toimia uudestaan ja syöksyy tilanteeseen. Se osuu Malamariin, syösten sen epätasapainoon ja kaikki palaavat normaaliksi, mukaan lukien Madame X, joka hupun alta paljastuttuaan onkin oikeasti konstaapeli Jenny! Malamarin kehuskellessa Meowth tulkkaa. Ilmeisesti Malamarilla on suunnitelma valloittaa maailma käyttämällä mielenhallintalaitetta. Konstaapelin Jennyn muuttaminen apulaiseksi oli vain ensimmäinen askel, mutta kun suunnitelma on paljastunut, Malamar päättää tuhota laitteensa. Kaikki pakenevat rakennuksen räjähtäessä, Malamar mukaan lukien. Miten sen suunnitelmalle oikein käy?
