Kesken lounaan sankarimme yllättyvät iloisesti vanhojen ystävien, Sanpein ja Greninjan ilmestyessä paikalle. He ovat matkalla Sanpein kotiin, Ninjakylään, ja kutsuvat sankarimme mukaan. Siellä he tapaavat Sanpein veljet, Ippein ja Nihein, sekä kylän päällikön Hanzon ja hänen avustajansa Shinobun. Kaikki ovat yllättyneitä Sanpein kehityksestä ninjana ja kouluttajana. Sankarimme ihmettelevät kaikkia kylän upeita Pokémoneja...samalla kun pallostaan vaaniva Rakettiryhmä suunnittelee niiden sieppaamista. Yhtäkkiä kylän kimppuun hyökkää useita Skarmoryitä ja joukko naamioituneita ninjoja sieppaa päällikkö Hanzon! Keitä he ovat ja mitä he yrittävät? Vastaukset selviävät, kun matka jatkuu!