Kalos-liigan palkintojenjakotilaisuus keskeytyy jättimäisten köynnösten ilmestyessä ja täyttäessä stadionin uhaten vallata koko Lumiose Cityn! Lysandre lähettää Ryhmä Flaren manifestin: he haluavat luoda uuden maailmanjärjestyksen, johin vain "valitut" heitä seuraavat!
Ash ja Alain lähtevät pelastamaan Mairinia, mutta Ash järkyttyy huomatessaan, että Alain on tehnyt yhteistyötä Lysandren kanssa. Samassa Ryhmä Flare vangitsee Ashin Prismatornin huipulle. Hänen ystävänsä yrittävät auttaa, mutta vihainen Zygarde seisoo heidän tiellään, kunnes sitä haastamaan saapuu toinen Zygarde, Löllön muuttuessa ja paljastaessa todellisen minänsä! Kamppailu kahden Zygarden välillä on pian alkamassa!