Sankarimme vierailevat Aether-paratiisissa, joka on osa Lillien äidin, Lusaminen, johtamaa Aether-säätiötä. Suojelualueella asuu vaikuttavan paljon Pokémoneja, muun muassa Ditto-ryhmä, joka pitää rokottaa! Professori Burnet värvää Ashin ystävineen apuun rokotusten antamisessa Lusaminen puhuessa puhelimessaan, mutta yksi Ditto pääsee pakoon ja johtaa sankarimme takaa-ajoon muuntautuessaan kerta toisensa jälkeen. Viimein Ditto jää kiinni muuntautuessaan Vitiksi ja Lillien käsittäessä, ettei hän voi koskea sitä!
Sillä välin Rakettiryhmä on saanut töitä Aether-paratiisista. Ollessaan Nebbyn jäljillä, kolmikko törmää sattumalta Faban salaperäiseen laboratorioon...