Matkattuaan läpi salaperäisten porttien Ash, Goh, Chloe ja Dawn ovat rinnakkaismaailmassa, jossa ajan kulku takaperin muuttaa Pokémonit takaisin muniksi! Rinnakkaismaailman kaksosensa mukanaan Ash ja ystävät tutkivat porttien alkuperää ja löytävät samalla legendaariset Pokémonit Dialgan ja Palkian ottelun tiimellyksessä! Voitettuaan rinnakkaismaailman Rakettiryhmän sankarimme joutuvat itse ajan kulun uhreiksi ja muuttuvat nuoremmiksi! Yrittäessään epätoivoisesti saada legendaariset Pokémonit lopettamaan kamppailunsa, sankarimme kertovat tunteistaan Dialgalle, Palkialle ja myyttiselle Pokémonille Arceusille, joka ilmestyy paikalle ja saa kamppailun loppumaan. Kun kaikki palaa ennalleen, sankarimme suuntaavat kohti kotia!