Ash näkee legendaariset Pokémonit Solgaleon ja Lunalan unessaan ja lupaa heille jotain. Herättyään hän ei kuitenkaan muista, mitä! Pystyykö vieras Pokémon Nebby virkistämään Ashin muistia? Uuden ystävänsä ja muiden Pokémon-koulun oppilaiden avulla Ash ja Pikachu tarkastelevat Pokémoneja tutkivan ja niistä huolehtivan Aether-säätiön toimintaa. Toiminta ei nimittäin ehkä olekaan niin viatonta kuin miltä se aluksi näyttää. Ash ja kumppanit joutuvat suojelemaan itselleen tärkeitä ihmisiä ja Pokémoneja ennennäkemättömältä salaperäiseltä voimalta.