La Comète du Millénaire, censée exaucer les vœux de ceux qui réussissent à l'apercevoir, est sur le point de faire son retour tant attendu dans le ciel. Bien sûr, Sacha et ses amis s'intéressent également au Festival du Millénaire, surtout parce qu’ils ont la chance d’assister au spectacle de magie du Grand Butler. Mais encore plus intéressant encore est l'énigmatique cocon que possède Butler, duquel Max entend une voix mystérieuse ! Lorsque Jirachi sort de son sommeil, Max se lie d’amitié avec lui. Malheureusement, il sait cette brève amitié ne durera que quelques jours et se terminera dès que la comète aura disparu dans le ciel.

Max souhaite donc profiter au maximum du temps qu'il lui reste à passer avec son nouvel ami, mais le Grand Butler a prévu d'autres plans (nettement moins sympathiques) pour Jirachi. Il veut redonner vie au légendaire Groudon, et Jirachi pourrait lui permettre d'exaucer son vœu.

Max, Sacha, Flora et Pierre arriveront-ils à arrêter Butler et à sauver Jirachi avant que Groudon ne réapparaisse pour semer le chaos dans le monde ?