Avec la même rapidité qu’il avait mis à priver Pikachu de l’utilisation de ses mouvements de Type Electrik, un second orage violent les restaure complètement ! Attribuant ces phénomènes à l’action du Pokémon Légendaire Zekrom, les Professeurs Chen et Professeur Keteleeria décident de pousser plus loin leurs recherches.
Pendant ce temps, la Team Rocket est arrivée dans la région d’Unys, et met au point un plan dont le but est le vol de Pikachu et de Zekrom. Sacha a par ailleurs décidé de continuer son voyage là, dans cette même région d’Unys, et donc, armé d’un nouveau Pokédex et de nouvelles Poké Balls, notre héros se met en route pour découvrir le plus possible de Pokémon de la région d’Unys. En chemin, il rencontre Iris, et son Pokémon Coupenotte, tout en capturant son premier Pokémon de la région d’Unys, Poichigeon. Mais peu après, la Team Rocket met son plan diabolique en pratique en s’emparant de Pikachu, de Coupenotte et de Poichigeon aussi! Mais Sacha ne se laisse pas faire, il riposte en affrontant ses vieux ennemis Jessie, James et Miaouss, et –grâce à l’aide inattendue d’un Pokémon qui semblait pourtant bien timide, Moustillon, (qui avait suivi Sacha et Pikachu), les Pokémon de Sacha et de Iris sont retrouvés sains et saufs, tandis que la Team Rocket s’évanouit mystérieusement.
Après une visite au Centre Pokémon, où Pikachu, Coupenotte et Poichigeon sont remis en pleine forme par l’ Infirmière Joëlle, Iris doit admettre que, même si Sacha agit “comme un bébé”, elle est impressionnée par la façon dont il a réagi et sauvé leurs trois Pokémon. Quant à Sacha, il se demande pourquoi Moustillon les a aidés comme il l’a fait...
