La Team Rocket poursuit frénétiquement sa tentative de voler les Pokémon du Centre Pokémon de Méanville, et nos héros, accompagnés des Chefs Métro Chammal et Chamsin sont à leurs trousses ! Mais ils se heurtent à un obstacle après l’autre, jusqu’à ce que Rachid se souvienne que le Train fantôme va, à un moment ou à un autre, devoir faire surface par la ligne de Rotombourg.

Pendant ce temps, les Pokémon prisonniers tentent de s’échapper du Train fantôme, et les efforts combinés de Pikachu, Vipélierre, Minotaupe, Nodulithe, Gruikui et Feuillajou leur permettent de sortir de leur cage. Ensuite, avec l’aide de nos héros et celle du Lugulabre de Chammal, ils détruisent les attaches qui relient leur rame de métro à la locomotive de la Team Rocket. Et même les tentatives du Dr Zékor, à bord de son hélicoptère, ne peuvent les empêcher de ruiner les plans de la Team Rocket.

Pikachu a beaucoup de mal à admettre que Miaouss n’a jamais cessé de faire partie de la Team Rocket, mais Sacha, lui, lance à leur ancien ami que voyager en sa compagnie jusqu’à Méanville a été un véritable plaisir. La Team Rocket et le Dr Zékor s’échappent en hélicoptère, non sans promettre de réussir une prochaine fois. Sacha tourne à présent ses pensées vers son futur Combat d'Arène de Méanville, et son affrontement avec la Championne, Inezia!