Dans l’épisode précédent, comme ils traversaient le Mont Foré, nos héros ont rencontré un Archéologue Pokémon nommé François, qui venait de découvrir un Fossile Plaque. Mais la Team Rocket cherchait elle aussi ce Fossile Plaque, et a réussi non seulement à s'en emparer mais aussi à restaurer le Pokémon préhistorique Carapagos ! Mais Carapagos, terrorisé et désorienté, s’est enfui, entraînant nos héros à sa poursuite. Dans cet épisode, ils doivent d’abord combattre un trio de Scobolide et convaincre Lina que Carapagos est véritablement un Pokémon restauré à partir d'un Fossile Plaque. Quelques paroles rassurantes et un peu de nourriture fournie par François convainquent Carapagos qu'il peut faire confiance à Sacha et à ses amis. Soudain, la Team Rocket réapparaît et capture Carapagos, dans le but d'utiliser son énergie vitale pour laisser le Portail du Temps ouvert. Mais Carapagos évolue en Mégapagos, et quand il entend l'appel de ses amis, il se précipite vers le Portail du Temps, en laissant derrière lui nos héros ainsi que François et Lina. La faille de l’espace-temps est à présent grande ouverte, et des Mégapagos du monde passé se précipitent dans le monde d’aujourd’hui pour porter secours à leur semblable. Grâce à l'attaque Pouvoir Antique, les autres Mégapagos libèrent leur ami du piège de la Team Rocket. Le moment est alors venu pour Mégapagos et ses amis de retourner dans leur monde. Mégapagos a compris que François était le petit garçon qui avait pénétré dans le monde préhistorique il y a des années et était devenu son ami. D'émouvants adieux ont alors lieu. Quant à la mission diabolique de la Team Rocket, elle a échoué une fois de plus !